第三次打击是在明洪武三十一年(1398)。

　　洪武二十六年(1393)，“蓝党”案发，蓝玉被处死，株连则在全国蔓延。有一位叫王行的先生，曾两次在沈家坐馆，同沈家至少有三十年的交情，又两次在蓝玉家坐馆，前后也有十多年之久。

　　通过王行的关系，想在新朝找到靠山的沈家同蓝家也有了交往。“蓝党”案发后，有人劝王行逃遁，这位先生说：“临难无苟免。”结果以同谋罪被诛。

对沈万三记载

　　当时，沈万三女婿顾学文因夺人之妇，仇家怀恨在心，蓝玉事发后，仇家即以沈家同蓝家的关系为据，诬告顾学文与蓝玉通谋。在严刑逼供下，顾学文招认曾收到蓝玉“钞一万五千贯”，为他购置粮米、绸缎等物，用来准备起事和赏人。

沈万三

　　《弘治吴江志》载：案情牵涉他的“妻族沈旺、沈德全、沈昌年、沈文规、沈文矩、沈文衡、沈文学、沈文载、沈海，凡八人。”其中沈旺是沈万三的儿子，其他人等也都是沈万三的子孙。

　　《周庄镇志卷六·杂记》记：“洪武三十一年二月学文坐胡蓝党祸，连万三曾孙(沈)德全六人，并顾氏一门同日凌迟。”同日被杀的还有八十多人。

　　《乾隆吴江县志·旧事》载有胡蓝党犯人沈德全一家的处置细节：二月十八日载：“正党与户下户丁多着折了臂膊，未出动的小厮不打，且牢着他。供出的田口家财断没了。”

　　二月二十日载：“正党与户下户丁都凌迟了，十岁以上的小厮都发南丹卫充军，十岁以下的送牧马所寄养，母随住;一岁至三岁的随母送浣衣局，待七岁送出来。”——真可谓惨不忍睹!

　　沈万三苦心经营的巨大家业，就这样急剧地衰落了。