此后，秦琼跟随秦王李世民，先后镇压了王世充、窦建德、刘黑闼等多路义军，为唐王朝的创建立下了汗马功劳，李渊曾派使者赐予金瓶以示褒奖。

　　之后，又因战功，多次受到奖赏，先后拜为秦王右统军，加授上柱国。后又进封为翼国公，深得秦王李世民的信任。

　　秦琼不仅在唐王朝创建伊始立下了赫赫战功，而且在唐王朝内部斗争的“玄武门之变”中，坚决站在秦王李世民一边，一起诛杀了太子建成和齐王元吉，为李世民当太子夺皇位扫清了道路。

秦琼跟随秦王李世民 

　　唐武德九年(626)六月，秦王李世民被立为太子，八月接王位，改号贞观，这就是历史上有名的唐太宗。秦琼也因有功，拜为左武卫大将军，赐给七百户的封邑。

　　后来，秦琼多病缠身，自谓:自幼戎马转战，身经大战二百余次，光流的血也足足有几十斗之多，元气大伤，怎能不病?

秦琼 

　　到贞观十二年(638)终于因病去世。而演义中说其为了挂帅征东，在70高龄与尉迟恭比赛举千斤石狮子，累的吐血到地，以至病死，岂不冤哉!

　　秦琼死后赠徐州都督，改封胡国公，并陪葬昭陵。“太宗特令所司就其茔内立石人石马，以旌战阵之功焉。” (《旧唐书》本传)他的画像也上了表彰大功臣的凌烟阁。

　　秦琼的传奇人生后被演义进了戏剧以及说唱文学之中，并且被人们誉为“山东好汉”。济南一地也附会出了不少关于秦琼的遗迹，像秦琼卖马槐、秦琼府、秦琼墓等等。至今在济南王龙潭仍留有“唐左武卫大将军胡国公秦叔宝故宅”的石碑。