当时，薛福辰在宫廷滞留两年多，名公巨卿求治者应接不暇。光绪八年，时慈禧病体痊愈，薛福辰因治病有功，加赏头品顶带，调补直隶通永道。是年除夕，慈禧亲书“福”宇和“职业修明”匾额以赐。同时赐紫蟒袍、玉钩带一副，又赐宴体元殿、长春宫听戏。在直隶任内，严缉捕，重海防，济民困，政绩卓着。其时法越交战，军队调南布防，他特设官车局便利运输，避免征用民夫、骚扰地方，深受民众称颂。

　　光绪十年，即公元1884年，薛福辰到通永道履职。一次薛福辰因一件小事被监察御史魏乃劾参劾，要求将薛福辰调至太医院，这个奏议其实隐含着对薛福辰“因医受宠”的歧视。慈禧很了解薛福辰为官时同样政绩卓着，看到魏乃劾的奏章，斥为“大胆妄言”，将魏乃劾连降三级，反将薛福辰升为宗人府府丞。光绪十二年，薛福辰升顺天府尹。三年后，又迁任都察院左副都御史。

　　但是，此时的薛福辰已患了中风，多次上疏申请，最终才允许他开缺回乡调理。薛福辰于光绪十五年夏疏请退职，同年7月病逝，终年57岁，葬于漆塘大浮山。当时，御赐白银500两治丧。其所着《青萍图文集》、《医学发微》、《临症一得》等遗稿，均未写定，仅存《素问运气图说》一文。近代掌故大家徐一士在《一士类稿》中认为，薛福辰的病逝是长期心情抑郁所致。