但顶着众多光环的亚历山大灯塔却命途多舛：在哈里发下令拆塔之前，亚历山大港发生了强烈地震，灯塔的灯火室遭到损坏，顶端的波塞冬塑像也因此坍塌;随后，在公元1100年，灯塔再次遭受强烈地震的破坏，仅存塔基部分，至此灯塔彻底失去了导航作用，变成了一座瞭望台，而不久后，在仅存的塔基上，一座清真寺拔地而起。从公元1301年开始，在随后100多年间，当地又发生了多次地震，到了1435年，强烈的地震再次震毁了清真寺，也摧毁了亚历山大灯塔残存的塔基。从此，这座屹立了1600多年的宏伟灯塔，终究没能敌过大自然的威力，彻底碎成了一大堆乱石，大部分沉入了地中海。

而在一些史学家眼中，人类的破坏力，同样是导致亚历山大灯塔走向毁灭的原因之一，其中破坏最严重的行为，莫过于战争——事实上，战争对亚历山大灯塔的破坏，甚至比地震来得更早。

当年，就在踌躇满志的亚历山大大帝建立起亚历山大城的时候，他肯定不曾想到，时隔900多年后，这座由他一手打造的城市，却在公园7世纪初被来自伊斯兰帝国的将军阿姆鲁·本·阿斯征服了。而港口外，那座见证了亚历山大城崛起的灯塔，也在这两位相隔近千年的军事人物之间经历了一个轮回——它可以说是因亚历山大而起，最终却因阿姆鲁而落幕。

阿姆鲁围攻亚历山大城的时候，当时统治埃及的拜占庭帝国（即东罗马帝国）由于内部分裂，军队毫无斗志，高层也无心恋战，最终于公元642年9月决定放弃亚历山大。这座城市的陷落，标志着东罗马帝国在埃及的统治结束。而与此同时，亚历山大灯塔上那燃烧了近千年的熊熊火焰，也终于熄灭了。虽然，此时的亚历山大灯塔还没有彻底失去导航作用，但近千年的岁月已经足够漫长，亚历山大灯塔如同一位耄耋老者，只剩下安静的回忆，慢慢在沧海桑田的变迁中沉默，直到被掩埋……

即便它最终在地震中轰然倒塌，却依然在不久之后以另一种形式获得了“重生”——公元15世纪，埃及国王玛姆路克苏丹为了抵抗外来侵略，保卫海岸线，便下令在亚历山大灯塔的原址上修建了一座城堡。城堡竣工后，他以自己的名字将其命名为“玛姆路克苏丹城堡”，后称“卡贝特城堡”，而建造城堡的材料，大多是灯塔坍塌后的石块。还有传说称，当年玛姆路克苏丹曾经用灯塔废墟中的石料，在亚历山大城各处建造了15座大小不等的城堡，但历经地震和战火后，其他城堡全都毁坏、消失，只有这座在灯塔原址上建造的城堡还安然无恙。因此，亚历山大的居民都相信，一定是“灯塔之神”保佑了城堡，以便让灯塔最后的痕迹留存于世。