有报道指出，肯尼迪遇刺真相虽然与其对UFO的兴趣有关，但起兴趣很大一部分不是因为个人，而是处于对美苏关系的担忧有关。肯尼迪认为，苏联上空出现了大量UFO，这会令苏联人可能将它们误认为美国发动的进攻，他们信任美国人拥有这种技巧。如果信以为真，这会令美苏紧张的关系进一步恶化。很多人认为，这是他撇开宇航局，愿望亲手掌握UFO信息很重要的原因之一。掌握相关信息之后肯尼迪就可以对苏联人说“看，那不是我们干的，我们没这么做，我们并没有任何挑衅为”。

　　同时，美国在1947年在新墨西哥州发现了UFO的残骸，当时研究结果令人十分震惊，肯尼迪想了解这个秘密，但却受到阻止。这也是肯尼迪遇刺的原因之一。

　　在新墨西哥罗斯威尔，这个没过西部沙漠的小镇， 直到一九四七年七月二日， 有目击者说听到了奇怪的声音，同时看到飞行物体撞毁。有四个人躺在地上，全都是三到四尺高，随后军队控制了整个地区，把残骸和那些人集中!随后美国公布震惊世界的消息：发现坠毁UFO!

　　但是，在之后的公布的消息中，美国军方称，那个坠毁的飞行器，只是气象探测气球。