沿着狭窄的玛琳河向下行进，在河谷中部地势变缓地段有一处狭长湖泊，称为巫药湖，长约7公里，因其季节性变化的水位而闻名，水位变化达20米左右。秋天時山上的雪水开始结冰，溶雪大量减少，所以湖水开始下降，甚至干枯；夏天时雪水融化，湖水又会出现。印地安人认为安静的湖水会有水位高低的变化，一定有神灵住在其中，所以取名“巫药湖”。巫药湖成因与上游玛琳湖的成因即冰碛堰塞湖不同。早期的冰川侵蚀作用造成玛琳河谷两侧地势极不稳定，很多岩石崩塌下来，一部分滚落的大块岩石阻塞了玛琳河道，形成了巫药湖，这也是冰川作用地貌的一种独特类型。从巫药湖向下游，玛琳河从地面上突然消失了，开始流入地下，一共约14.5公里，直至流入玛琳峡谷。科学家通过可生物降解染料的方法发现，这段地下水系统是世界上规模最大的石灰岩地下水系统之一。

玛琳河谷与主河流阿萨巴斯卡河交接的一段为玛琳峡谷，长约2公里，河流宽约2米，最深处达50米。这里也是一处典型的冰川遗迹，即悬谷。悬谷的形成来自于冰川侵蚀力的差异，主冰川因冰层厚、下蚀力强，故U型谷较深；而支冰川因为冰层薄、下蚀力弱，故U型谷较浅。因此在支冰川U型谷和主冰川U型谷的交汇之处，常有谷底高低的悬殊，称之为悬谷。河流从支冰川U型谷流入主冰川U型谷的过程中，巨大的高差往往形成壮观的瀑布。玛琳峡谷中的多处瀑布即为典型案例。地下水从石灰岩层中涌出，汇入湍急的河流，沿着断层方向切割两侧的石灰岩床，其景观被誉为加拿大落基山中最长、最深、景致最奇特的峡谷景观。

玛琳河谷的独特性和典型性在于其罕见地集中体现了多样的冰川作用地貌和持续进行的冰川作用过程，包括U型谷、悬谷、峡谷地貌、喀斯特侵蚀地貌、水位和色彩季节性变化的湖泊，以及冰碛堰塞湖等。同时，这些地质过程与生物过程组合在一起，通过丰富的形态、色彩、视角、动态及其组合，呈现出无与伦比的绝妙的自然美景。