然而总统卫队长翁东中校抢先行动了。9月30日夜22时，7辆卡车装满身穿总统卫队服的武装士兵从哈林空军基地出发，次日凌晨到达雅加达，然后分赴7名陆军将军的寓所进行搜捕。结果，陆军参谋长雅尼中将、潘贾伊坦中将和哈约诺少将被打死，苏普拉普托少将、帕尔曼少将和苏多佐准将被绑架到了哈林空军基地，后来遭到杀害。只有纳苏蒂安将军一人翻墙逃匿。

　　事前，翁东曾派人两次去见当时掌握强大的陆军战略预备队兵权的苏哈托将军，向他汇报情况。然而苏哈托一直按兵不动。10月1日上午，翁东发布全国公告，声称事件目的，是为保护苏加诺免受由中情局扶持的陆军将领控制。下午，苏哈托召开了参谋部会议，称翁东等人“发动政变，用暴力手段夺取国家政权。这些肯定是印尼共产党策划的”。会议决定由他统一指挥反击行动。

　　第二天苏哈托拒绝了苏加诺关于政治解决危机的要求，并迫使苏加诺任命他为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令。之后，陆军很快攻占了哈林空军基地。“9·30运动”以失败告终。

　　关于“9·30”政变的真相，苏加诺和苏哈托的支持者各执一词。那么，印尼共与“翁东政变”到底有没有关系？据中情局报告，印尼共领袖艾地曾在8月28日的一次会议上明确表示：“现在的问题是，印尼共应当坐等总统逝世、让自己遭受突然的打击呢，还是先发制人，挫败陆军的行动和攻击？我更倾向于先动手。”中情局的结论是：“印尼共产党在策划政变中起着中心的作用，……有确凿的证据证明，所有重大决定都是由印尼共产党做的。”

　　不过，在事变发生后，印共总书记艾地指示党的各级组织：千万不要举行拥护“9·30 ”运动的示威游行，声明那些是陆军内部事务，与印共毫无关系，并表示完全支持苏加诺宣布的任何解决办法。此后艾地被迫转入地下活动，但他却在意料之外，被贴身警卫中的一个陆军谍报处的特务出卖了，而遭到杀害。

　　美国扮演的不光彩角色

　　时至今日，越来越多的解密资料显示，在这场屠杀背后，美国扮演了很不光彩的角色。资料显示，政变发生仅四天之后，美国当时驻印尼大使马歇尔·格林就表示希望军方能够利用1965年9月30日六名将军被杀的机会，指控印尼共产党阴谋夺权并控制印尼。

　　尽管格林并不确定印尼共产党是否参与了事件，但他于1965年10月5日发给华盛顿的电报中，仍强调军队必须行动果敢：“不管是何背景……军队控制着局势，它拥有诸如报纸、电台、电视等重要的权力工具。它还掌握了六名高级将领被杀的原因；如果军队想利用这一点的话就可以加以利用。它已经开始这样做……除了共产党和他们的随从，穆斯林团体和其它人都站在军队一边……”“如果行动神速的话，军队现在具有击败印尼共产党的大好时机……被害将军尸体的发现，使上述汹汹势头达到了高峰。总而言之，机不可失，时不再来……”

　　在10月15日另一份要求转呈美国情报机构的电文中，格林强调需要进一步进行反共宣传：“在所有媒体，通过不断重复的事实，将目前这场恐怖事件和悲剧同北京及其共产主义思想联系起来；将绑架并杀害高级将领的手法同北越在南越村庄中杀害村长的事件联系起来。”