两天后，美国助理国务卿邦迪在同澳大利亚外交代表团会见时一起讨论了印尼局势和军队应采取的战略。随后，在北苏门答腊省发生了大规模反共流血事件。当地一个同军队有联系的穆斯林青年组织四处搜寻并屠杀共产党青年组织的领导人，他们还开始在棉兰和其它北苏门答腊城市袭击华人中的共产党人，大批华人遭到殴打，房屋、商店被烧。

　　在亚齐省，穆斯林狂热分子几乎袭击了当地所有的共产党人，一些亚齐暴徒甚至将人杀死后，将他们的头颅割下，挂在道路两旁的柱子上。

　　苏哈托“祸水东引”

　　在清共过程中，军方还将目标对准了苏加诺的总统权力。1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署所谓的“三一一命令”，把行政权力移交给苏哈托。1967年3月12日，军方操纵的临时人民协商会议一致通过撤销对苏加诺总统的任命，剥夺其所有职权。苏哈托也开始了他对印尼长达30多年的铁腕统治。

　　1965年那场屠杀将苏哈托带到了印尼权力的巅峰，在当时的国际形势下，亲美反共成了他对内实现印尼民族的认同，对外提升国际地位的快速途径。而当时正值中国处在“文革”前夕的特殊时期，“极左”思想蔓延到了社会政治生活的各个方面，外交政策也受到了严重的侵蚀，对于“红色革命蔓延到东南亚”的恐惧使得印尼更加紧了对中国的警惕和排斥。印尼军方将中国视为印尼共产党的后盾，“9·30”事件因此被祸水东引到了华人身上。

　　其间，印尼军方曾诬称有9名大雅族（印尼高山原住民）长老被华人所杀，挑拨大雅人对华人的仇视。报仇心切的大雅人，在许多华人住所前放置盛有鸡血或狗血的红色土碗。这就是大雅人复仇的记号，任何大雅人见到红碗，都有责任将屋里的人赶尽杀绝。

　　根据幸存者的陈述，至少有好几个地方发生“屠村”事件。“沟水都变成红色”，“大雅人杀华人，就像杀鸡杀鸭一样”。美国中央情报局曾把这段悲剧称为“20世纪最惨的集体谋杀”，具体罹难人数，迄今没有确切数据。据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大约有25万到50万人被杀，另有大量入狱者；据印尼官方在1975年公布的数据，则为45到50万左右。真实数字当远不止此。据美国驻印尼大使马歇尔·格林披露，当年的大屠杀，“并不区分谁是华人共党分子，谁是印尼公民”。