在对待飞碟和E.T.来源问题上，也有人提出是来源于海底——水下文明说。提出这种假说的根据是有的目击案是从水下飞出飞碟或飞碟进人海中。在UFO界称这类飞碟为Uso(不明潜水物)。这种假说的要点是有人认为在占地球2/3面积的海洋里，本来就进化出一种高级海底水下文明。他们像陆地上的人类一样生活在海底，有自己的生活方式，有自己的文明，利用飞碟出、人海域。海底来源说的另一派别是指从前曾生活在陆地上的先进民族，如玛雅人在遇到灾难时沉入海底，利用其高科技适应海底生存环境，后来就生活在海底了。最近有人在大西洋海底发现金字塔，就给这种假说增加了一个证据。对于前者假说的证据，是传说中的海底美人鱼，以及传说在十几年前前苏联但是否是文明、先进的民族，尚无直接证据。