1894年，甲午战争爆发，鸟居龙藏开始关注东北亚相关的人类学文献，后来，日军占领了辽东半岛，他自付旅费，于1895年8月，以东京人类学会的名义去往当时在人类学上一片空白的辽东半岛调查。当时的辽东半岛，既没有大连港的存在，也尚未开建铁路，鸟居搭乘公务船在南部一个叫“柳树屯”的乡间小湾停泊，然后徒步走到金州的日军司令部报告来意，在此获得医疗和地图等情报的协助，再去往旅顺，然后北经复州、熊岳城，到达海城后往东折向析木城，抵达鸭绿江畔的安东，最后回到金州。在这四个月里，25岁的鸟居以过人毅力，进行一个大范围的徒步调查。

 

 

独龙族纹面

 

在途中，他身上只带了一本日本陆军省编的《支那语会话》的小册子，没有翻译，就这样凭着满腔热忱四处乱走，竟然发现了析木城附近的辽代砖塔和巨大石棚遗址，这开启了他日后对东北亚的巨石文化及辽代（契丹）文化研究的端绪。另外，在调查接近尾声时，他在孤山西南拾获磨制石斧，首次证明的辽东半岛上在石器时代也有人类活动的痕迹。这个发现掀开了日本人类学界对亚洲大陆的人类学、考古学调查的序幕。

 

 

人类学家眼中的塔吉克社区

 

这是他第一次东北考察，对于东北亚这一片浩瀚密林，鸟居一直怀有无限的憧憬和“野心”。1907年6月，他的长女幸子才出生不到三个月，他即领着夫人和襁褓中的女儿开始了第二次中国北部的考察。当时从内蒙进入外蒙调查，必须要有护卫兵才准许入境，但鸟居龙藏拒绝在权力的保护下进行调查，他声称：“我们是日本爱和平的学者夫妻才到那遥远的地方去，只要婴儿相随。既然如同佛教徒一样，他们有什么理由拒绝我们入境？”结果，和平进入外蒙的鸟居夫妇受到喀尔喀王府的盛情款待。