内阁尽管权重，但毕竟属于内廷，六部的尚书才是政府最高行政长官。所以阁权经常受到六部制约。红丸案中，有人认为献药人李可灼是受人指使，故意让皇帝速死，之前因为立储而争论的两派再起硝烟。带李可灼入宫的内阁首辅方从哲被认为是幕后主使，好不容易才脱去干系。

实际上，就算像张居正这样的明代著名政治人物也无法幸免。他任内阁首辅后，要求各部奏章公事每样都要抄送内阁一份，受到大臣们的反对。因为按明代礼法，内阁并无预闻的职权，只有皇帝私下里要他看他才可以提前看。张居正被逼无奈，去向皇帝辞职才缓解危机。后人评张居正“然能治国，不能服人。法度虽严，非议四起”，说的就是内阁权受到的制约。

 

 

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朱元璋的另一安排就是用严刑酷法打压读书人。他的想法是“使士人震慑于王室积威之下，使其只能为吾用而不足为吾患”。朝廷士大夫动辄就受鞭笞廷杖之辱，故当时文人多不仕。国子监生叶伯巨看不下去，上奏说：“今之为士者，以混迹无闻为福，以受玷不録为幸”，结果被逮入刑部监狱，活活饿死。廷杖更是一种可怕且带侮辱性的刑罚。据明史记载，实施时，必派遣大太监监视，众官员边上观看，宣读完皇帝的旨意后，上来一人拿着麻布兜，自肩膀以下束缚，使之不得动弹，只留着屁股受杖。

 

 

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受刑人头面触地，满口尽是地上的尘土。受杖者多死，即使不死，起码也要躺上数月才能痊愈。终明之世，士人廷杖之刑始终未绝。梃击案发生后，万历招内阁大臣方从哲、吴道南及部分大臣进宫商量怎么处理，结果方“叩首唯唯，不能措他语”，吴则“噤不能出声”。万历很不高兴，见状，御史刘光复越次进言。不料，话没说到点上，万历命将其拿下，在场群臣于是群起而殴之，吴道南当场吓的“宛转僵扑，便液并下”。皇帝回宫后，吴才被人扶出来，如一木偶，数日视听始复。此事即可看出帝权之霸道和高压环境下读书人的心理压力。